[bug] 在左侧边栏中右键点击同步文件夹时，在git仓库中删除了其他文件

### 详细描述这个 Bug

<img width="453" height="1055" alt="Image" src="https://github.com/user-attachments/assets/fa6250e7-31c4-462b-9503-a5cb9b7ac399" />

<img width="778" height="922" alt="Image" src="https://github.com/user-attachments/assets/aadf5a1e-3f59-4763-9894-6591df15c494" />

如图所示，在AI实践目录上点击同步，结果把其他文件夹全部删除了

### NoteGen 版本

v0.27.7

### 操作系统

Windows

### 报错日志

_No response_